結局、PGを、自分で書きました。
これのメリットは、コマンドラインから入力ファイルと、出力ファイルと、座標を入れると、全自動で、切り出してくれることです。
いちいち、マウスで指定しなくても良いです。
これで、バッチファイルを書けば、アニメーション用の複数の絵から、同じサイズの矩形を切り出してくることも出来ます。
ちょっと大変でした。
本当は出来ているのに、勘違いしていたので、なかなか出来なかったのは内緒。。
ところで、切り出した後、結合しないといけないんですね。。
それも、PG書かないと行けないかも。。orz
ちなみに、256色カラーしか対応していません。