Ver 4.8系は、/usr/bin の下を汚すらしいです。
たとえば、qmake は、 /usr/bin/qmake というシンボリックリンクが作成されていて,4.8 のqmake に繋がっています。
既に、5.x 系に移行している人は、古いQt をアンインストールしておいた方が良いと思われます。
下記のスクリプトを動かすと、アンインストールされるようです。
% sudo /Developer/Tools/uninstall-qt.py
5.x 系で、インストーラーを使って入れると、$HOME の下に、Qt5.x.x というフォルダを作り、そこに入ります。
PATHは自分で通す必要があります。
.profile などに、
export PATH=$HOME/Qt5.3.1/5.3/clang_64/bin:$PATH
を追加して、ターミナルを再起動します。
新しいQtを入れる度に、違うフォルダーを作成して、その中に入れるので、そのたびに、PATHを修正する必要があります。
入れる度に、違うフォルダーに入るので、5.x の昔のバージョンは手作業で消した方が良いかもしれません。。